quantification RNA-seq presque optimale
Kallisto est un programme pour quantifier l’abondance de transcriptions
de données de RNA-Seq, ou, plus généralement, de séquences cibles en
utilisant le séquençage de lectures à haut débit. Il est basé sur l’idée
nouvelle de pseudoalignement pour déterminer la compatibilité de lectures
avec des cibles sans avoir besoin de l’alignement. Sur des bancs d’essai
avec des données de RNA-Seq standard, kallisto peut quantifier 30 millions
de lectures d’humain en moins de 3 minutes sur un ordinateur de bureau Mac
en utilisant les séquences de lectures et un index de transcriptome qui
lui-même se construit en moins de 10 minutes. Le pseudoalignement de
lectures préserve l’information clé nécessaire pour la quantification, et
par conséquent kallisto n’est pas seulement rapide, mais également aussi
précis que les outils de quantification existants. En fait, parce que la
procédure de pseudoalignement est peu sensible aux erreurs dans les
lectures, dans plusieurs bancs d’essai kallisto surpasse de manière
significative les outils existants.
