Paquet : srst2 (0.2.0-13) [debports]

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Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Autres paquets associés à srst2

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

Télécharger srst2

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sparc64 (portage non officiel)	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]