dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à
faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome
humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et
BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences
Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus
pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases.
BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la
prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages
(« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement
recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et
plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que
BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.
