Paquet : r-bioc-dnacopy (1.78.0-1 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-dnacopy  ]

paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

Ce paquet met en œuvre l’algorithme CBS (« circular binary segmentation » – segmentation binaire circulaire) pour segmenter les données de nombres de copies d’ADN et identifier les régions génomiques avec un nombre de copies anormal.

Ce paquet sert à analyser des données de nombres de copies de puces à ADN, qui sont habituellement (mais pas toujours) appelées données de puce d'hybridation génomique comparative (« Comparative Genomic Hybridization », array CGH). Il met en œuvre une méthodologie pour trouver les points de rupture dans ces données qui sont des points après lesquels le test (log) comparé aux ratios de référence ont changé l’emplacement. Le modèle est que les points de rupture correspondent aux positions où le nombre de copies d’ADN sous-jacente a changé. Pas conséquent, les points de rupture peuvent être utilisés pour identifier les régions du nombre de copies gagné ou perdu. Une fonction est aussi fournie pour faire des tracés relatifs à ces données.

Autres paquets associés à r-bioc-dnacopy

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgfortran5 (>= 10)

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.19 [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

Télécharger r-bioc-dnacopy

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.78.0-1	368,8 ko	526,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.78.0-1	368,9 ko	514,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.78.0-1	367,0 ko	526,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.76.0-1	369,0 ko	506,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.76.0-1	376,4 ko	567,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.76.0-1	367,0 ko	505,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.78.0-1	368,2 ko	527,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.78.0-1	372,2 ko	527,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.78.0-1	370,9 ko	526,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.78.0-1	369,1 ko	498,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.78.0-1	371,4 ko	510,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.76.0-1	373,1 ko	529,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.78.0-1	366,3 ko	1 487,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.76.0-1	370,3 ko	509,0 ko	[liste des fichiers]