Paquet : r-bioc-dnacopy (1.72.3-1)

[ Paquet source : r-bioc-dnacopy  ]

paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

Ce paquet met en œuvre l’algorithme CBS (« circular binary segmentation » – segmentation binaire circulaire) pour segmenter les données de nombres de copies d’ADN et identifier les régions génomiques avec un nombre de copies anormal.

Ce paquet sert à analyser des données de nombres de copies de puces à ADN, qui sont habituellement (mais pas toujours) appelées données de puce d'hybridation génomique comparative (« Comparative Genomic Hybridization », array CGH). Il met en œuvre une méthodologie pour trouver les points de rupture dans ces données qui sont des points après lesquels le test (log) comparé aux ratios de référence ont changé l’emplacement. Le modèle est que les points de rupture correspondent aux positions où le nombre de copies d’ADN sous-jacente a changé. Pas conséquent, les points de rupture peuvent être utilisés pour identifier les régions du nombre de copies gagné ou perdu. Une fonction est aussi fournie pour faire des tracés relatifs à ces données.

Autres paquets associés à r-bioc-dnacopy

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgfortran5 (>= 10)

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

Télécharger r-bioc-dnacopy

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	368,5 ko	521,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	365,9 ko	533,0 ko	[liste des fichiers]
armel	370,0 ko	524,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	365,0 ko	496,0 ko	[liste des fichiers]
i386	368,8 ko	516,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	367,4 ko	534,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	368,1 ko	533,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	370,8 ko	533,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	367,0 ko	513,0 ko	[liste des fichiers]