Paquet : paleomix (1.3.8-2 et autres)

[ Paquet source : paleomix  ]

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

The PALEOMIX pipelines are a set of pipelines and tools designed to aid the rapid processing of High-Throughput Sequencing (HTS) data: The BAM pipeline processes de-multiplexed reads from one or more samples, through sequence processing and alignment, to generate BAM alignment files useful in downstream analyses; the Phylogenetic pipeline carries out genotyping and phylogenetic inference on BAM alignment files, either produced using the BAM pipeline or generated elsewhere; and the Zonkey pipeline carries out a suite of analyses on low coverage equine alignments, in order to detect the presence of F1-hybrids in archaeological assemblages. In addition, PALEOMIX aids in metagenomic analysis of the extracts.

The pipelines have been designed with ancient DNA (aDNA) in mind, and includes several features especially useful for the analyses of ancient samples, but can all be for the processing of modern samples, in order to ensure consistent data processing.

Autres paquets associés à paleomix

• dep: adapterremoval

  découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

• dep: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• dep: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• dep: examl

  code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

• dep: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• dep: mapdamage

  tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

• dep: phylip

  paquet de programmes pour déduire les phylogénies

• dep: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-coloredlogs

  sortie colorée de terminal pour le module de connexion de Python 3

• dep: python3-configargparse

  remplaçant pour argparse avec des fichiers de configuration et des variables d’environnement

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruamel.yaml

  Roundtrip YAML parser/emitter (Python 3 module)

• dep: python3-setproctitle

  Setproctitle implementation for Python 3

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: radiant

  explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

• dep: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.3.8-2	961,0 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.8-2	961,0 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.3.7-3	960,8 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel)	1.3.7-3	960,8 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.3.7-3	960,8 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]