Paket: flexbar (1:3.5.0-5 und andere)

[ Quellcode: flexbar  ]

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover, trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.

Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent months, default settings were optimised, several bugs were fixed and various improvements were made, e.g. revamped command-line interface, new trimming modes as well as lower time and memory requirements.

Andere Pakete mit Bezug zu flexbar

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  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

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  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

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  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 12) [nicht alpha, arm64, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libtbb12 (>= 2021.11.0) [riscv64]

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  dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [arm64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

  dep: libtbb12 (>= 2021.7.0) [sparc64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.8.0) [nicht amd64, arm64, hppa, riscv64, sparc64]

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  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

flexbar herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	323,8 kB	1.409,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1:3.5.0-5	347,6 kB	1.165,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1:3.5.0-5+b1	317,7 kB	1.214,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1:3.5.0-5	288,9 kB	1.040,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1:3.5.0-5	299,0 kB	820,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	315,0 kB	1.102,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1:3.5.0-5	353,1 kB	1.184,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	397,7 kB	2.092,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	310,7 kB	1.132,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1:3.5.0-5	285,8 kB	1.321,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	332,0 kB	1.469,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1:3.5.0-5	336,8 kB	1.341,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1:3.5.0-5+b1	342,7 kB	998,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1:3.5.0-5	302,9 kB	1.185,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	394,8 kB	1.149,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	272,9 kB	2.115,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1:3.5.0-5	346,8 kB	1.096,0 kB	[Liste der Dateien]