Paquet : cassiopee (1.0.9-4 et autres)

[ Paquet source : cassiopee  ]

outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

Cassiopee est une bibliothèque d'indexation et de recherche implémentée en C. Il s'agit d'une réécriture complète de la gemme ruby Cassiopee. Elle scanne une séquence génomique d'entrée (ADN, ARN, protéine) et recherche une sous-séquence avec une correspondance parfaite ou en permettant des substitutions (mesurées avec la distance de Hamming), des insertions ou des suppressions.

Ce paquet fournit les outils cassiopee et cassiopeeknife.

Autres paquets associés à cassiopee

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, sh4, x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcassie1v5 (>= 1.0.9)

  bibliothèque mettant en œuvre des algorithmes de recherche

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libgoogle-glog0v6t64 (>= 0.6.0)

  library that implements application-level logging.

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger cassiopee

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	16,6 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.9-4+b1	17,2 ko	71,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.9-4+b2	16,6 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.9-4+b1	15,8 ko	57,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.9-4+b1	15,6 ko	53,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	16,6 ko	59,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.9-4+b1	17,7 ko	65,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	19,0 ko	76,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	16,8 ko	57,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.9-4+b1	17,1 ko	157,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	17,4 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.9-4+b1	17,5 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.9-4+b1	16,5 ko	59,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.9-4+b1	16,5 ko	63,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	17,9 ko	153,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.9-4+b1	16,4 ko	2 077,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.9-4+b2	17,1 ko	61,0 ko	[liste des fichiers]