Paquet : nanopolish (0.14.0-1 et autres) [debports]

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identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.14.0-1+b1	2 133,7 ko	9 606,0 ko	[liste des fichiers]