Paquet : r-bioc-annotationhub (3.14.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-annotationhub  ]

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

Ce paquet fournit un client pour les ressources web d'AnnotationHub pour BioConductor. Les ressources web d'AnnotationHub fournissent un lieu centralisé où des fichiers génomiques (par exemple, VCF, bed, wig) et d'autres ressources d'emplacements standards (UCSC, Ensembl) peuvent être découvertes. Les ressources incluent des métadonnées sur chaque ressource, par exemple, une description textuelle, des étiquettes et les dates de modification. Le client crée et gère un cache local des fichiers récupérés par l’utilisateur, ce qui aide à un accès rapide et reproductible.

Autres paquets associés à r-bioc-annotationhub

• dep: r-api-4.0

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.31.19)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-biocfilecache (>= 1.5.1)

  gestion par GNU R de fichiers entre les sessions

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocversion

  set the appropriate version of Bioconductor packages

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-biocmanager

  accès au dépôt de paquets du projet Bioconductor

• dep: r-cran-curl

  GNU R modern and flexible web client for R

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-rappdirs

  répertoires des applications de GNU R

• dep: r-cran-rsqlite

  Database Interface R driver for SQLite

• dep: r-cran-yaml

  Methods to convert R data to YAML and back

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-bioc-ensembldb

  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• sug: r-bioc-experimenthub

  client BioConductor pour accéder aux ressources d’ExperimentHub

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• sug: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• sug: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• sug: r-bioc-rsamtools

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-txdbmaker

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• sug: r-bioc-variantannotation

  BioConductor annotation of genetic variants

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-annotationhub

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	436,0 ko	726,0 ko	[liste des fichiers]