Package: python-cogent (1.9-14)

[ Source: python-cogent  ]

Ramme for genomisk biologi

PyCogent er et programbibliotek for genomisk biologi. Det er en fuldt integreret og gennemtestet ramme for:

 * kontrol af tredjepartsprogrammer
 * udarbejde arbejdsgange; forespørge databaser
 * gennemføre nye probabilistiske analyser af biologisk sekvensevolution og
 * oprette grafik i udgivelseskvalitet

Det har mange unikke indbyggede funktioner (som ægte codonsammenligning) og den hyppige tilføjelse af helt nye metoder til analysen af genomdata.

Tags: Biology: Proteins, Software Development: Python Development, Libraries, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::python, interface::commandline, Role: Development Library, Program, Purpose: use::analysing, use::comparing

Other Packages Related to python-cogent

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Numerisk Python tilføjer en hurtig vektor-/array-facilitet til Pythonsproget

• dep: python-numpy-abi9

  virtual package provided by python-numpy

• rec: blast2

  Tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy

• rec: bwa [amd64]

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• rec: cd-hit

  Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser

• rec: clearcut

  Ekstrem effektiv fylogenetisk trærekonstruktion

• rec: dialign

  Segmentbaseret flersekvensjustering

• rec: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer

• sug: clustalw

  Global nukleotid eller peptid sekvensjustering

• sug: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• sug: infernal [amd64, i386]

  Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger

• sug: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• sug: mothur

  Programpakke for sekvensanalyse til forskning i mikrobiota

• sug: parsinsert

  Påholdende Indsættelse af uklassificerede sekvenser i fylogenetiske træer

• sug: python-cogent-doc

  docs for python-cogent

• sug: raxml [amd64, i386]

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• sug: rdp-classifier

  Udvidelig sekvensklassifikation for fungal lsu, bakterie og arkæisk 16s

• sug: rtax

  Klassifikation af sekvenslæsninger for 165 ribosomal RNA-gen

Download python-cogent

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,424.4 kB	7,794.0 kB	[list of files]
arm64	2,378.8 kB	7,680.0 kB	[list of files]
armhf	2,383.5 kB	7,349.0 kB	[list of files]
i386	2,394.6 kB	7,765.0 kB	[list of files]