Paquet : pbalign (0.3.2-1)

[ Paquet source : pbalign  ]

map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences

pbalign aligns PacBio reads to reference sequences, filters aligned reads according to user-specific filtering criteria, and converts the output to either the SAM format or PacBio Compare HDF5 (e.g., .cmp.h5) format.

This package is part of the SMRTAnalysis suite.

Autres paquets associés à pbalign

• dep: blasr (>= 5.3+0)

  correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-pbalign (= 0.3.2-1)

  map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences (Python2)

• dep: python-pkg-resources

  découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

• rec: hdf5-tools

  Format de données hiérarchique 5 (HDF5) - outils d'exécution

• rec: python-pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files -- Python 2 library

• sug: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• sug: gmap

  alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

• sug: pbalign-doc

  documentation for pbalign

Télécharger pbalign

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	9,3 ko	44,0 ko	[liste des fichiers]