Paquet : python-pbalign (0.3.2-1)

[ Paquet source : pbalign  ]

map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences (Python2)

pbalign aligns PacBio reads to reference sequences, filters aligned reads according to user-specific filtering criteria, and converts the output to either the SAM format or PacBio Compare HDF5 (e.g., .cmp.h5) format.

pbalign is part of the SMRTAnalysis suite. This package provides the Python library backend.

Autres paquets associés à python-pbalign

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  correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-pbcommand

  common command-line interface for Pacific Biosciences analysis modules

• dep: python-pbcore

  Python 2 library for processing PacBio data files

• dep: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• rec: hdf5-tools

  Format de données hiérarchique 5 (HDF5) - outils d'exécution

• rec: python-pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files -- Python 2 library

• sug: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• sug: gmap

  alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

• sug: pbalign-doc

  documentation for pbalign

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