Paquet : eigensoft (7.2.1+dfsg-1)

[ Paquet source : eigensoft  ]

reduction of population bias for genetic analyses

The EIGENSOFT package combines functionality from the group's population genetics methods (Patterson et al. 2006) and their EIGENSTRAT stratification method (Price et al. 2006). The EIGENSTRAT method uses principal components analysis to explicitly model ancestry differences between cases and controls along continuous axes of variation; the resulting correction is specific to a candidate marker's variation in frequency across ancestral populations, minimizing spurious associations while maximizing power to detect true associations. The EIGENSOFT package has a built-in plotting script and supports multiple file formats and quantitative phenotypes.

Autres paquets associés à eigensoft

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.23)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgsl23 (>= 2.5)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: liblapacke

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée de la bibliothèque⋅C

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• rec: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

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