Paquet : bcbio (1.1.2-3)

[ Paquet source : bcbio  ]

boîte à outils d’analyse de données de séquençage à haut débit

Ce paquet installe les outils en ligne de commande de la boîte à outils bcbio-nextgen, implémentant les meilleurs pipelines pour l’analyse entièrement automatisée de séquençage à haut débit.

Un fichier de configuration de haut niveau indique les entrées et les paramètres d’analyse pour diriger un pipeline parallèle qui gère l’exécution distribuée, les redémarrages de traitement idempotent et des étapes transactionnelles sûres. Le projet contribue à une ressource communautaire partagée qui gère le composant de traitement des données d’analyse de séquençage, donnant aux chercheurs plus de temps pour se consacrer à la biologie en aval.

Autres paquets associés à bcbio

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-bcbio

  library for analysing high-throughput sequencing data

• sug: bcbio-doc

  documentation pour les workflows RNAseq de bcbio(-nextgen)

• sug: cwltool

  implémentation de la référence du langage Common Workflow

• sug: toil

  cross-platform workflow engine

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	126,1 ko	185,0 ko	[liste des fichiers]