Пакет: tiddit (3.5.2+dfsg-1)

[ Источник: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Другие пакеты, относящиеся к tiddit

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [не arm64, ppc64el]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Загрузка tiddit

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	265,3 Кб	1 151,0 Кб	[список файлов]
arm64	213,8 Кб	1 187,0 Кб	[список файлов]
armel	222,8 Кб	965,0 Кб	[список файлов]
armhf	225,4 Кб	677,0 Кб	[список файлов]
i386	246,9 Кб	1 069,0 Кб	[список файлов]
mips64el	199,6 Кб	1 332,0 Кб	[список файлов]
mipsel	201,2 Кб	1 242,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	228,7 Кб	1 315,0 Кб	[список файлов]