Paquet : proteinortho (6.1.7+dfsg-1)

[ Paquet source : proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Autres paquets associés à proteinortho

• dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~)

  aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: procps

  Utilitaires pour le système de fichiers /proc.

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	247,9 ko	967,0 ko	[liste des fichiers]