Paquet : optimir (1.2-1)

[ Paquet source : optimir  ]

intégration de variations génétiques dans l’alignement de miARN

OptimiR est un flux de travail d’alignement de données de miRSeq. Il intègre des informations génétiques pour estimer l’impact de variants sur des expressions de miARN.

OptimiR : une tuyauterie de bioinformatique conçue pour détecter et quantifier des miARN, des isomiR et des polymiR à partir de données, et étudier l’impact de variations génétiques sur des expressions de polymiR.

Autres paquets associés à optimir

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• rec: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	1 003,1 ko	7 403,0 ko	[liste des fichiers]