Paketti: samtools (1.21-0+exp1)

[ Source: samtools  ]

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  jaetut kirjastot päätteen hallintaan

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
riscv64	657.4 kt	1,295.0 kt	[tiedostoluettelo]