Paketti: hisat2 (2.2.1-5~0exp) [debports]

[ Source:  ]

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

Muut pakettiin hisat2 liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: bcftools

  genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Imuroi hisat2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
ia64 (epävirallinen siirros)	4,648.6 kt	20,828.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64 (epävirallinen siirros)	3,751.1 kt	12,691.0 kt	[tiedostoluettelo]