Package: alien-hunter (1.7-8)

[ Source: alien-hunter  ]

Motivos de Orden Variable Interpolados para identificar ADN adquirido horizontalmente

Alien_hunter es una aplicación para la predicción de posibles eventos de Transferencia Horizontal de Genes (HGT) con la implementación de Motivos de Orden Variable Interpolados (IVOMs). Un enfoque IVOM explota sesgos composicionales usando distribuciones de motivo de orden variable y capturas más fiables en comparación con la composición local de una secuencia métodos de orden fijo. Opcionalmente las predicciones pueden ser analizadas en un modelo de Hidden Markov de segundo orden de dos estados (HMM), en la detección de un punto de cambio marco, para optimizar la localización de los límites de las regiones previstas. Las predicciones (formato embl) se pueden cargar automáticamente en el visor de genoma de Artemis disponible libremente en: http://www.Sanger.AC.uk/software/Artemis/.

Tags: Field: Biology, Structural Biology, Implemented in: implemented-in::java, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analysing

Other Packages Related to alien-hunter

• dep: libbiojava-java

  Java API to biological data and applications (default version)

• dep: libbytecode-java

  Java bytecode manipulation library

• dep: libcommons-cli-java

  Command line arguments and options parsing library

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libcommons-dbcp-java

  Database Connection Pooling Services

• dep: libcommons-pool-java

  pooling implementation for Java objects

• sug: bioperl

  herramientas de Perl para biología molecular computacional

Download alien-hunter

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	27.6 kB	112.0 kB	[list of files]