Balík: alien-hunter (1.7-8)

[ Zdroj: alien-hunter  ]

Interpolated Variable Order Motifs na identifikáciu DNA získanej horizontálnym prenosom

Alien_hunter je aplikácia na predpovedanie predpokladaných udalostí horizontálneho prenosu génov (HGT) s implementáciou Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). Prístup IVOM využíva kompozičné sklony pomcou rozdelení motívov s variabilným poradím a spoľahlivejšie zachytáva lokálnu kompozíciu sekvencie v porovnaní s metódami s pevným poradím. Voliteľne je možné predpovede spracovať do dvojstavového skrytého markovovho modelu (HMM) druhého rádu na báze detekcie bodu zmeny za účelom optimalizácie lokalizáie hraníc predpovedaných oblastí. Predpovede (vo formáte embl) je možné automaticky načítať do prehliadača genómu Artemis, ktorý je voľne dostupný na adrese http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/

Značky: Pole: Biológia, Structural Biology, Implementované v: implemented-in::java, implemented-in::perl, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom alien-hunter

• dep: libbiojava-java

  Java API to biological data and applications (default version)

• dep: libbytecode-java

  Java bytecode manipulation library

• dep: libcommons-cli-java

  knižnica na spracovanie argumentov a volieb príkazového riadka

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - rozšírené API Collections pre Javu

• dep: libcommons-dbcp-java

  služby DBCP (Database Connection Pooling)

• dep: libcommons-pool-java

  implementácia fondu spojení pre objekty Java

• sug: bioperl

  nástroje jazyka Perl na výpočtovú molekulárnu biológiu

Stiahnuť alien-hunter

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	27.6 kB	112.0 kB	[zoznam súborov]