Paket: beagle (220722-1)

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Genotype calling, genotype phasing and imputation of ungenotyped markers

Beagle performs genotype calling, genotype phasing, imputation of ungenotyped markers, and identity-by-descent segment detection. Genotypic imputation works on phased haplotypes using a Li and Stephens haplotype frequency model. Beagle also implements the Refined IBD algorithm for detecting homozygosity-by-descent (HBD) and identity-by-descent (IBD) segments.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::java, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu beagle

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: default-jre

Standard Java or Java compatible Runtime

oder java11-runtime

virtuelles Paket, bereitgestellt durch default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre
dep: libhtsjdk-java

Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

sug: beagle-doc

Documentation for Beagle

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