Paket: bali-phy (3.5.0.1+dfsg-1) [debports]

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Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Andere Pakete mit Bezug zu bali-phy

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• dep: libboost-filesystem1.71.0

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• dep: libboost-program-options1.71.0

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• dep: libboost-random1.71.0

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• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R - ein System für statistische Berechnungen und Grafiken

• sug: figtree

  Grafischer Betrachter für phylogenetische Bäume

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

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