Paket: pirs (2.0.2+dfsg-12 und andere)

[ Quellcode: pirs  ]

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Andere Pakete mit Bezug zu pirs

• dep: fonts-liberation

  fonts with the same metrics as Times, Arial and Courier

• dep: gnuplot [x32]

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-qt [nicht x32]

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm - QT-Paket

  oder gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, arm64, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [x32]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libgzstream0 [x32]

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

  dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg) [nicht x32]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: pirs-profiles

  profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

pirs herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	112,4 kB	424,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.0.2+dfsg-12	116,7 kB	390,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.0.2+dfsg-12+b1	108,7 kB	423,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.0.2+dfsg-12	102,8 kB	352,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.0.2+dfsg-12	102,6 kB	304,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	115,1 kB	371,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.0.2+dfsg-12	122,5 kB	392,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	134,5 kB	566,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	113,6 kB	396,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.0.2+dfsg-12	115,4 kB	432,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	118,0 kB	486,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.0.2+dfsg-12	117,0 kB	422,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.0.2+dfsg-12+b1	112,9 kB	335,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.0.2+dfsg-12	113,8 kB	390,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	127,7 kB	421,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-12	104,6 kB	2.219,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.0.2+dfsg-6	110,1 kB	377,0 kB	[Liste der Dateien]