Пакет: pirs (2.0.2+dfsg-12 и други)

[ Източник: pirs  ]

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Други пакети, свързани с pirs

• dep: fonts-liberation

  fonts with the same metrics as Times, Arial and Courier

• dep: gnuplot [x32]

  Command-line driven interactive plotting program.
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-qt [не x32]

  Command-line driven interactive plotting program. QT-package

  или gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [x32]

  Пакетът не е наличен

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libgzstream0 [x32]

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

  dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg) [не arm64, riscv64, x32]

  dep: libgzstream0 (>= 1.5+git20171107.9a20658) [arm64, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: pirs-profiles

  profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  compression library - runtime

Изтегляне на pirs

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	112,4 кБ	424,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.0.2+dfsg-12	116,7 кБ	390,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.0.2+dfsg-12+b2	108,8 кБ	423,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.0.2+dfsg-12	102,8 кБ	352,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.0.2+dfsg-12	102,6 кБ	304,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	115,1 кБ	371,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.0.2+dfsg-12	122,5 кБ	392,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	134,5 кБ	566,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	109,1 кБ	391,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	113,6 кБ	396,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.0.2+dfsg-12	115,4 кБ	432,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	118,0 кБ	486,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.0.2+dfsg-12	117,0 кБ	422,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.0.2+dfsg-12+b2	113,5 кБ	335,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.0.2+dfsg-12	113,8 кБ	390,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	127,7 кБ	421,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-12	104,6 кБ	2 219,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.0.2+dfsg-6	110,1 кБ	377,0 кБ	[списък на файловете]