Paket: lighter (1.1.3-1 und andere)

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Homepage [github.com]

fast and memory-efficient sequencing error corrector

Lighter is a fast, memory-efficient tool for correcting sequencing errors. Lighter avoids counting k-mers. Instead, it uses a pair of Bloom filters, one holding a sample of the input k-mers and the other holding k-mers likely to be correct. As long as the sampling fraction is adjusted in inverse proportion to the depth of sequencing, Bloom filter size can be held constant while maintaining near-constant accuracy. Lighter is parallelized, uses no secondary storage, and is both faster and more memory-efficient than competing approaches while achieving comparable accuracy.

Andere Pakete mit Bezug zu lighter

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 5)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

lighter herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	48,8 kB	180,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.1.3-1	48,1 kB	132,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.1.3-1	45,6 kB	180,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.1.3-1	46,2 kB	123,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.1.3-1	46,0 kB	103,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	55,0 kB	132,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.1.3-1	50,8 kB	135,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.1.2-7	56,1 kB	185,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	48,9 kB	132,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	47,9 kB	131,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.1.3-1	49,2 kB	182,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	50,7 kB	180,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.1.3-1	51,1 kB	180,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.1.3-1	47,6 kB	108,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.1.3-1	53,7 kB	140,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	60,1 kB	179,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	49,9 kB	1.078,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.1.3-1	47,9 kB	123,0 kB	[Liste der Dateien]