Paket: r-bioc-rsamtools (2.18.0+dfsg-1 und andere) [debports]

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GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

This package provides an interface to the 'samtools', 'bcftools', and 'tabix' utilities for manipulating SAM (Sequence Alignment / Map), binary variant call (BCF) and compressed indexed tab-delimited (tabix) files.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-rsamtools

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  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

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  Paket nicht verfügbar

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  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

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• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

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  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

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• dep: r-cran-bitops

  GNU R package implementing bitwise operations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10)

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  GNU-R-Paket, das ein Programmiergerüst für Komponententests bereitstellt

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Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.18.0+dfsg-1+b1	3.636,0 kB	6.843,0 kB	[Liste der Dateien]