Paket: concavity (0.1+dfsg.1-5)

[ Quellcode: concavity  ]

Vorhersage von Proteinliganden-Bindungsstellen mittels Struktur und Konservierung

ConCavity sagt Bindungsstellen von Proteinliganden voraus, indem die evolutionäre Sequenzkonservierung und dreidimensionale Struktur verbunden werden.

ConCavity akzeptiert als Eingabe das Proteinstrukturformat PDB und optional Dateien, die die evolutionäre Sequenzkonservierung der Ketten in der Strukturdatei charakterisieren.

Die folgenden Resultatdateien werden standardmäßig erstellt:

 * Vorhersagen von Rest-Ligandenbindung für jede Kette (*.scores).
 * Vorhersagen von Rest-Ligandenbindung in einer Datei des Formats PDB
   (Rest-Scores sind im temorären »factor«-Feld platziert, *_residue.pdb).
 * Vorhersage von Bindungstaschen in einer Datei des Formats DX (*.dx).
 * PyMOL-Skript um die Vorhersagen zu visualisieren (*.pml).

Andere Pakete mit Bezug zu concavity

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• sug: conservation-code

  Werkzeug zur Bewertung von Proteinsequenz-Konservierung

• sug: pymol

  Grafiksystem für Moleküle

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	252,5 kB	1.020,0 kB	[Liste der Dateien]