Package: reapr (1.0.18+dfsg-7)

[ Source: reapr  ]

Universielt værktøj for genomsamlingsevaluering

REAPR er et værktøj som evaluerer præcisionen for en genomsamling, der bruger oversatte parrede slutlæsninger, uden brug af et referencegenom til sammenligning. Værktøjet kan bruges i alle trin af en samlingskanal til automatisk at bryde ukorrekte stilladser og flage andre fejl i en samling for manuel inspektion. Værktøjet rapporterer fejlsamlinger og andre advarsler og fremstiller en ny ødelagt samling baseret på fejlkald.

Programmet kræver som inddata en samling i FASTA-format og parrede læsninger oversat til samlingen i en BAM-fil. Oversættelsesinformation såsom fragmentdækning og distribution af indsættelsestørrelse analyseres for at finde fejlsamlinger. REAPR fungerer bedst med oversatte læste par fra et stort indsættelsesbibliotek (mindst 1000bp). Derudover hvis et kort indsættelsesbibliotek for Illumina også er tilgængeligt, kan REAPR kombinere disse med det store indsættelsesbibliotek for at bedømme hver base af samlingen.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to reapr

• dep: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perludvidelse til erstatning af en henvisning med en kopi af den henviste fil

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, riscv64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: r-base

  GNU R statistisk beregning og grafiksystem

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: smalt

  Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning

• dep: snpomatic

  Hurtig, stringent kort-læsning oversættelsesprogram

• dep: tabix

  Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler

Download reapr

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	209.9 kB	1,073.0 kB	[list of files]
arm64	178.9 kB	1,221.0 kB	[list of files]
armel	171.8 kB	1,207.0 kB	[list of files]
armhf	174.4 kB	1,143.0 kB	[list of files]
i386	212.8 kB	1,035.0 kB	[list of files]
mips64el	193.0 kB	1,640.0 kB	[list of files]
ppc64el	198.2 kB	1,669.0 kB	[list of files]
riscv64	192.4 kB	753.0 kB	[list of files]
s390x	192.7 kB	993.0 kB	[list of files]