Package: pirs (2.0.2+dfsg-12)
Links for pirs
Debian Resources:
Download Source Package pirs:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Profilbaseret Illumina-læsesimulator for pair-end
Programmet pIRS kan bruges til at simulere Illumina PE-læsninger, med en serie af tegn oprettet af Illumina-sekventeringsplatformen, såsom indsæt størrelsesdistribution, sekventeringsfejl (erstatning, indsættelse, sletning), kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias.
Indsæt-størrelsen følger en normal distribution, så brugere bør sætte middelværdien og standardafledningen. Normalt er standardafledningen sat som 1/20 af middelværdien. Normaldistributionen af Box-Muller-metoden er simuleret.
Programmet simulerer sekventeringsfejl, kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias jævnfør den empiriske distributionsprofil. Nogle standardprofiler talt fra en masse reelle sekventeringsdata tilbydes.
For at simulere læsninger fra diploid-genom bør brugere simulere diploid-genomsekvensen først ved at angive forholdet for heterozygosis SNP, heterozgyosis InDel og strukturvariation.
Other Packages Related to pirs
|
|
|
|
-
- dep: fonts-liberation
- Skrifttyper med samme måleenheder som Times, Arial og Courier
-
- dep: gnuplot-qt
- Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram - QT-pakke
- or gnuplot
- Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: pirs-profiles
- profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
Download pirs
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|
i386 | 122.5 kB | 392.0 kB | [list of files] |