Package: r-cran-alakazam (1.3.0-1)

[ Source: r-cran-alakazam  ]

Immunoglobulin Clonal Lineage og Diversity Analysis

Alakazam er en del af Immcantation-analyserammen for Adaptive Immune Receptor Repertoire-sekventering (AIRR-seq) og tilbyder et sæt af værktøjer til at undersøge lymfocytreceptor klonale linjer, diversitet, genbrug og andre repertoire-niveauegenskaber med fokus på høj-gennemløb immunoglobulin -sekventering (Ig).

Alakazam har fem hovedformål:

 * Tilbyder grundlæggende funktionalitet for andre R-pakker i rammen
   Immcantation. Dette inkluderer gængse opgaver såsom fil-I/O,
   grundlæggende DNA-sekvensmanipulering og interaktion med V(D)J-segment
   og genannoationer
 * Tilbyder en R-grænseflade til interaktion med resultatet af pRESTO- og
   Change-O-værktøjspakkerne
 * Udfører afstamningsrekonstruktion på klonale populationer af Ig-
   sekvenser og analyserer topologien af ​​de resulterende afstamningstræer
 * Udførelse af klonal overflods- og diversitetsanalyse på lymfocyt-
   repertoirer
 * Udførelse af fysisk-kemiske egenskabsanalyser af lymfocytreceptor-
   sekvenser

Other Packages Related to r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

  GNU R AIRR-datarepræsentation - referencebibliotek

• dep: r-cran-ape

  GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

  GNU R-grammatik for datamanipulering

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

  GNU R-netværksanalyse og visualisering

• dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-progress

  GNU R - statusbjælker for terminalen

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang

  Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner

• dep: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse

• dep: r-cran-stringi

  GNU R- faciliteter til behandling af tegnstrenge

• dep: r-cran-tibble

  GNU R - simple datarammer

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

  GNU R-pakke til nemt at rydde op i data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-cran-alakazam

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,362.0 kB	2,845.0 kB	[list of files]