Package: abpoa (1.5.3-1)

[ Source: abpoa  ]

Adaptiv båndet Partial Order Alignment

abPOA er en udvidet version af Partial Order Alignment (POA), der udfører adaptiv båndet dynamisk programmering (DP) med en SIMD-implementering. abPOA kan udføre flere sekvenssammenligninger (MSA) på et sæt af sekvenser og oprette en konsensussekvens ved at anvende den tungeste samlingsalgoritme til den endelige sammenligningsgraf.

abPOA kan oprette højkvalitets konsensussekvenser fra fejlsikre lange læsninger og tilbyder signifikant hastighedsforbedring over eksisterende værktøjer.

abPOA understøtter tre sammenligningstilstande (global, lokal, udvidelse) og fleksible bedømmelsesskemaer, der tillader lineære, affine, konvekse hulstraffe. Understøtter i øjeblikket SSE2/SSE4.1/AVX2-vektorisering.

For yderligere information se venligst paper[1] udgivet i Bioinformatics.

[1]: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963

Other Packages Related to abpoa

• dep: graphviz

  Rigt sæt af graftegneværktøjer

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download abpoa

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	296.4 kB	1,773.0 kB	[list of files]
arm64	133.2 kB	400.0 kB	[list of files]
ppc64el	129.0 kB	400.0 kB	[list of files]