Пакет: abpoa (1.5.1-1)

[ Источник: abpoa  ]

adaptive banded Partial Order Alignment

abPOA is an extended version of Partial Order Alignment (POA) that performs adaptive banded dynamic programming (DP) with an SIMD implementation. abPOA can perform multiple sequence alignment (MSA) on a set of input sequences and generate a consensus sequence by applying the heaviest bundling algorithm to the final alignment graph.

abPOA can generate high-quality consensus sequences from error-prone long reads and offer significant speed improvement over existing tools.

abPOA supports three alignment modes (global, local, extension) and flexible scoring schemes that allow linear, affine and convex gap penalties. It right now supports SSE2/SSE4.1/AVX2 vectorization.

For more information please refer to the paper[1] published in Bioinformatics.

[1]: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963

Другие пакеты, относящиеся к abpoa

• dep: graphviz

  визуализация графов

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка abpoa

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	268,0 Кб	1 572,0 Кб	[список файлов]
arm64	128,6 Кб	379,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	118,3 Кб	379,0 Кб	[список файлов]