Package: r-cran-ape (5.8-1) [debports]

[ Source:  ]

GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

Denne pakke tilbyder funktioner til at læse, skrive, plotte og manipulere fylogenetiske træer, analysere komparative data i en fylogenetisk ramme, tegnanalyser for forfædre, analyser af diversificering og makroevolution, beregne afstande fra DNA-sekvenser, læse og skrive nukleotidsekvenser samt import fra BioConductor samt flere værktøjer såsom Mantels test, generaliserede himmellinjeplot, grafisk undersøgelse af fylogenetiske data (alex, trex, kronoviz), estimering af absolutte evolutionære hastigheder og ur-lignende træer med ikkesamtidige sekvenser, oversætte DNA til AA-sekvenser og anslå sekvenssammenligninger. Fylogeniestimering kan udføres med metoderne NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM og triangle og flere metoder håndterer ufuldstændige afstandsmatricer (NJ*, BIONJ*, MVR* og den tilsvarende trianglemetode). Nogle funktioner kalder eksterne programmer (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) hvis resultater returneres til R.

Other Packages Related to r-cran-ape

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  Kørselstidsbibliotek for GNU Fortran-programmer

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• dep: r-cran-lattice

  GNU R-pakke for »Trellis«-grafik

• dep: r-cran-nlme

  GNU R-pakke for (ikke)lineære mixed effects-modeller

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• rec: r-cran-phangorn

  GNU R-pakke for fylogenetisk analyse

• sug: clustalw

  Global nukleotid eller peptid sekvensjustering

• sug: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• sug: phyml

  Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

• sug: r-cran-expm

  GNU R-beregning af matrix eksponentielle og relaterede mængder

• sug: r-cran-gee

  Generalized Estimation Equation Solver

• sug: r-cran-igraph

  GNU R-netværksanalyse og visualisering

• sug: t-coffee

  Flersekvensjustering

Download r-cran-ape

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	2,833.6 kB	4,455.0 kB	[list of files]