Package: r-bioc-genomicranges (1.56.2+dfsg-1) [debports]

[ Source:  ]

BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

Mulighed for effektivt at lagre genomannotationer og sammenligninger spiller en central rolle, når det kommer til at analysere sekventeringsdata med høj gennemløb (a.k.a. NGS-data). Pakken definerer almene containere til at lagre genomintervaller samt mere specialiserede containere til at lagre sammenligninger mod et referencegenom.

Other Packages Related to r-bioc-genomicranges

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.37.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• sug: r-bioc-annotate

  BioConductor-annotation for microarray'er

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• sug: r-bioc-annotationhub

  GNU R-klient til at tilgå AnnotationHub-ressourcer

• sug: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.25.3)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• sug: r-bioc-bsgenome

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• sug: r-bioc-deseq2

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• sug: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• sug: r-bioc-genomicalignments

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• sug: r-bioc-gviz

  Plot data og annotationsinformation langs genomiske koordinater

• sug: r-bioc-keggrest

  GNU R-REST-adgang på klientsiden til KEGG

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 1.13.53)

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 0.1.5)

  BioConductor - assay-container

• sug: r-bioc-txdbmaker

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• sug: r-bioc-variantannotation

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• sug: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

Download r-bioc-genomicranges

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	1,797.5 kB	3,782.0 kB	[list of files]