Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering
Kallisto er et program til at kvantificere mængder af transskriptioner fra
RNA-Seq-data, eller mere generelt af målsekvenser, der anvender sekvenslæsning med høj gennemløb. Det er baseret på den nye ide om pseudosammenligning for hurtigt at bestemme kompatibiliteten af aflæsninger med mål, uden behov for ensretning. På sammenligninger med RNA-Seq-standarddata kan kallisto kvantificere 30 millioner menneskelige læsninger på mindre end 3 minutter på en Mac-stationær computer, der kun bruger læsesekvenserne og et transkriptomindeks som i sig selv tager mindre end 10 minutter at bygge. Pseudojustering af læser bevarer de nødvendige nøgleoplysninger til kvantificering, og kallisto er derfor ikke kun hurtig, men også lige så præcis som eksisterende kvantificeringsværktøjer. Faktisk, fordi pseudosammenligningsproceduren er robust over for fejl i læsningerne, i mange sammenligninger udkonkurrerer kallisto eksisterende værktøjer.
