Package: proteinortho (6.0.31+dfsg-2) [debports]

[ Source:  ]

Registrering af (Co-)ortologer i storskala proteinanalyse

Proteinortho er et uafhængigt værktøj, der er rettet mod store datasæt og gør brug af distribuerede beregningsteknikker, når afviklet på udstyr med flere kerner. Programmet implementerer en udvidet version af den reciprokke bedste sammenligningsheuristik. Proteinortho blev brugt til at beregne orthologous-proteiner i det fulde sæt med alle 717 eubakterielle genomer tilgængelige hos NCBI i begyndelsen af 2009. Forfattere lykkedes med at identificere 30 proteiner til stede i 99 % af alle bakterieproteomer.

Other Packages Related to proteinortho

• dep: diamond-aligner

  Accelereret BLAST-kompatibel lokal sekvenssammenligner

• dep: libc6 (>= 2.32)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: procps

  /proc-filsystemværktøjer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

Download proteinortho

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sh4 (unofficial port)	221.7 kB	764.0 kB	[list of files]