Package: seqan-needle (1.0.3+ds-1 and others)

[ Source: seqan-needle  ]

Forhåndsfilter for optælling af meget store samlinger af nukleotidsekvenser

Needle er et værktøj for semikvantitativ analyse af meget store samlinger af nukleotidsekvenser.

Needle lagrer sine data i flere indflettede Bloomfiltre, er hurtig og pladseffektiv i sin sandsynlighedsdatastruktur og bruger et vinduesskema (også kaldt minimeringsprogrammer) til at reducere mængden af data lagret. Hvor mange indflettede Bloomfiltre der bruges er defineret af brugeren. Hvert indflettet Bloomfilter har en såkaldt udtrykstærskel og lagrer minimeringsprogrammer med en hændelse større end eller lig med sin egen udtrykstærskel og mindre end den næststørste udtrykstærskel (hvis der er ingen større udtrykstærskel, alle større end eller ligmed tærsklen lagres). Disse udtrykstærskler bruges så under forespørgslen (kaldt estimat) til at tilnærme udtryksværdier for givne udskrifter.

Other Packages Related to seqan-needle

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [not ia64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download seqan-needle

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.3+ds-1	304.4 kB	1,190.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.3+ds-1	350.0 kB	1,128.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.3+ds-1	296.1 kB	996.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.2+ds-2	407.7 kB	2,087.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.0.3+ds-1	315.2 kB	996.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.3+ds-1	292.6 kB	1,224.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.3+ds-1	336.6 kB	1,252.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.3+ds-1	333.2 kB	800.0 kB	[list of files]