Pacote: seqan-needle (1.0.3+ds-1 e outros)

[ Fonte: seqan-needle  ]

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences

Needle is a tool for semi-quantitative analysis of very large collections of nucleotide sequences.

Needle stores its data in multiple interleaved Bloom filter, a fast and space efficient probabilistic data structure and uses a windowing scheme (also called minimisers) to reduce the amount of data to store. How many interleaved Bloom filter are used is defined by the user. Each interleaved Bloom filter has a so called expression threshold and stores minimisers with an occurrence greater than or equal to its own expression threshold and smaller than the next biggest expression threshold (if there is no bigger expression threshold, all greater than or equal to the threshold are stored). These expression thresholds are then used during the query (called estimate) to approximate the expression values of given transcripts.

Outros pacotes relacionados a seqan-needle

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [não ia64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de seqan-needle

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.0.3+ds-1	304.4 kB	1,190.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.0.3+ds-1	350.0 kB	1,128.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.0.3+ds-1	296.1 kB	996.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.0.2+ds-2	407.7 kB	2,087.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.0.3+ds-1	315.2 kB	996.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.0.3+ds-1	292.6 kB	1,224.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.0.3+ds-1	336.6 kB	1,252.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.0.3+ds-1	333.2 kB	800.0 kB	[lista de arquivos]