Package: r-bioc-gsva (2.0.5+ds-1 and others)

[ Source: r-bioc-gsva  ]

Gene Set Variation Analysis for microarray og RNA-seq-data

Gene Set Variation Analysis (GSVA) er en uden parametre, ikke overvåget metode til at estimere variation for gensætberigelse via prøverne i et udtryksdatasæt. GSVA udfører en ændring i koordinatsystemer, transformerer dataene fra et gen via prøvematrix til et gensæt efter prøvematrix, der dermed tillader evalueringen af pathway-berigelse for hver prøve. Denne nye matrix med GSVA-berigelsesbedømmelser faciliterer anvendelse af analytiske metoder såsom funktionel berigelse, overlevelsesanalyse, klyngeopbygning, CNV-pathway-analyse eller cross-tissue pathway-analyse, på en pathway-centrisk måde.

Other Packages Related to r-bioc-gsva

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.3.4) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20 [not hppa, ia64, sh4, x32]

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor - faciliteter for parallel evulering

• dep: r-bioc-biocsingular

  Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages

• dep: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats

  Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects

• dep: r-bioc-gseabase

  Gene Set Enrichment Analysis - datastrukturer og metoder

• dep: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-sparsematrixstats

  Bioconductor - resumestatistik for rækker og kolonner for rumlige tabeller

• dep: r-bioc-spatialexperiment [not hppa, ia64, sh4, x32]

  S4 Class for Spatially Resolved -omics Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor - assay-container

• dep: r-cran-cli [not hppa, ia64, sh4, x32]

  GNU R-hjælpeprogrammer til at udvikle kommandolinjegrænseflader

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• rec: r-cran-fastmatch

  GNU R-pakke for hurtig match-erstatning for gentagede opslag

• rec: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

• sug: r-bioc-biocgenerics

  Generiske funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-edger

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• sug: r-bioc-genefilter

  Metoder for filtrering af gener fra microarray-eksperimenter

• sug: r-bioc-gsvadata [not hppa, ia64, sh4, x32]

  Data employed in the vignette of the GSVA package

• sug: r-bioc-limma

  Lineære modeller for microarray-data

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  Genom-bred annotation for mennesker

• sug: r-cran-data.table

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• sug: r-cran-future

  R-pakke - en fremtidig API for R

• sug: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-plotly

  Opret interaktiv internetgrafik via »plotly.js« i GNU R

• sug: r-cran-promises

  GNU R abstractions for promise-based asynchronous programming

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R-pakke der tilbyder egnede farvepaletter

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit [not hppa, ia64, sh4, x32]

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

• sug: r-cran-shiny

  GNU R-internetprogramramme

• sug: r-cran-shinydashboard

  GNU R-opret instrumentbræt med »Shiny«

• sug: r-cran-shinyjs

  Forbedr nemt brugeroplevelsen for dine Shiny-programmer på sekunder

Download r-bioc-gsva

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.0.4+ds-2	1,222.1 kB	1,532.0 kB	[list of files]
amd64	2.0.5+ds-1	1,221.9 kB	1,508.0 kB	[list of files]
arm64	2.0.5+ds-1	1,226.4 kB	1,532.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.50.0+ds-1	1,071.2 kB	1,291.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.50.0+ds-1	1,072.1 kB	1,298.0 kB	[list of files]
mips64el	2.0.5+ds-1	1,228.2 kB	1,534.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.0.5+ds-1	1,225.1 kB	1,533.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.0.5+ds-1	1,224.2 kB	1,532.0 kB	[list of files]
riscv64	2.0.5+ds-1	1,229.4 kB	1,508.0 kB	[list of files]
s390x	2.0.5+ds-1	1,223.9 kB	1,512.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.50.0+ds-1	1,070.9 kB	1,347.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.0.5+ds-1	1,220.4 kB	2,494.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.46.0+ds-1	781.0 kB	911.0 kB	[list of files]