Package: python3-pychopper (2.7.10-1)

[ Source: pychopper  ]

Identificer, orienter og trim fuldlængde Nanopore cDNS-læsninger

Pychopper v2 er et Pythonmodul til at identificere, orientere og trimme fuldlængde Nanopore cDNA-læsninger. Kan også redde fused-læsninger og tilbyder skriptet »pychopper.py«. Den generelle tilgang til Pychopper v2 er følgende:

 * Pychopper identificerer først justeringshit for primerne på tværs af
   længden af ​​sekvensen. Standardmetoden til at gøre dette er at bruge
   nhmmscan med de prætrænede strengspecifikke profil-HMM'er, inkluderet
   med pakken. Alternativt kan man bruge edlib-backend, der bruger en
   kombination af global og lokal tilpasning til at identificere
   primerne i læsningen.
 * Efter identifikation af primer-hit'ene af en af motorerne, bliver
   læsningerne opdelt i segmenter defineret af to fortløbende primer-hit.
   Bedømmelsen af et segment er dets længde hvis konfiguration af flanking-
   primer-hit'ene er gyldige (såsom SPP, -VNP for fremadrettede læsninger)
   eller nul.
 * Segmenterne tildeles til reddes læsninger via en dynamisk
   programmeringsalgoritme maksimerer summen af brugte segmentbedømmelser
   (derfor mængden af reddede baser). En vigtig observation om algoritmen
   er at hvis et segment er inkluderet som en reddet læsning, så skal det
   næste segment ekskluderes som en af primer-hit'ene definerende det som
   »brugt af« af det forrige segment. Dette placerer begrænsninger på den
   dynamiske programmeringsgraf. Pilene i læs definerer den optimale sti
   for redning af to fused-læsninger med en samlet bedømmelse på l1 + l3.

Et væsentlig parameter i Pychopper v2 er -q, der bestemmer stringensen af primerjusteringen (E-værdi i tilfælde af pHMM-motoren). Dette kan udtrykkeligt angives af brugeren, som standard er den dog optimeret på en tilfældig prøve af inddatalæsninger for at fremstille det maksimale antal klassificerede læsninger.

Other Packages Related to python3-pychopper

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-parasail

  Python 3-bindinger for parasail C-biblioteket

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-pytest

  Simpel, funktionsrig testning i Python 3

• dep: python3-tqdm

  Hurtig, udvidelig statusbjælke for Python 3 og kommandolinjeværktøjer

Download python3-pychopper

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	133.8 kB	405.0 kB	[list of files]