Package: snippy (4.6.0+dfsg-5)

[ Source: snippy  ]

Hurtig haploid-variantkald og kernegenomjustering

Snippy finder SNP'er mellem et haploid-referencegenom og din NGS-sekvenslæsninger. Den finder både substitutioner (snps) og indsættelser/sletninger (indels). Programmet vil bruge så mange cpu'er, som du kan give det på en enkelt computer (testet til 64 kerner). Programmet er designet med tanke på hastighed og fremstiller et ensartet sæt resultatfiler i en enkelt mappe. Programmet kan derefter anvende et sæt Snippy-resultater ved at bruge det samme reference og generere en SNP-kernejustering (og i sidste ende et fylogenomisk træ).

Other Packages Related to snippy

• dep: any2fasta

  Konverter diverse sekvensformater til FASTA

• dep: bcftools

  Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer

• dep: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: freebayes (>= 1.3.6-2)

  Bayesian haplotype-baseret polymorfiregistrering og genotypebestemmelse

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl - grundlæggende Perlmoduler

• dep: libvcflib-tools

  C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer - værktøjer

• dep: minimap2

  Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser

• dep: parallel

  Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: samclip

  Filtrer SAM-fil for blødt og hårdt klippet sammenligninger

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: seqtk

  Hurtigt letvægtsværktøj til behandling af sekvenser i formaterne FASTA eller FASTQ

• dep: snp-sites

  Binær kode for pakken snp-sites

• dep: snpeff

  Genetisk variantannotation og effektforudsigelsesværktøjskasse - værktøj

• dep: vt

  Værktøjssæt for kort variant-registrering i genetiske sekvensdata

Download snippy

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	26.3 kB	100.0 kB	[list of files]