all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: kmer  ]

Package: atac (0~20150903+r2013-9)

Links for atac

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package kmer:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Samling til samling-sammenligning for genomer

Atac beregner en en til en-parvis sammenligning af store DNA-sekvenser. Den første finder de unikke k-mers i hver sekvens, kæder dem til større blokke og udfylder rummet mellem blokkene. Programmet blev skrevet primært til at overføre annotationer mellem forskellige samlinger af det menneskelige genom.

Uddata er et sæt af ikke sammenlignelige »match«, og et sæt af sammenlignelige »kørsler« formet fra matchene. Hver match eller kørsel associerer en sekvens med den anden sekvens. Associationen er »unik« på den måde, at der er ingen andre (af samme størrelse) associationer for nogen af sekvenserne. Store gentagelser og dubletter er derfor ikke til stede i resultatet - de fremstår som regioner uden oversættelse.

Selvom uddata altid er parvis, så kan atac mellemlagre mellemliggende resultater til at øge hastigheden for en sammenligning af flere sekvenser.

Denne pakke er en del af Kmer-programpakken.

Other Packages Related to atac

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download atac

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
mips64el 389.9 kB3,663.0 kB [list of files]