Пакет: atac (0~20150903+r2013-9)

[ Источник: kmer  ]

genome assembly-to-assembly comparison

atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.

The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.

Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.

This package is part of the Kmer suite.

Другие пакеты, относящиеся к atac

• dep: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: leaff

  biological sequence library utilities and applications

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: meryl

  in- and out-of-core kmer counting and utilities

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3.12

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия 3.12)

• rec: kmer-examples

  sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

Загрузка atac

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
mips64el	389,9 Кб	3 663,0 Кб	[список файлов]