Package: ariba (2.14.6+ds-2 and others) [debports]

[ Source:  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA er et værktøj til at identificere antibiotikaresistensgener ved at køre lokale forsamlinger. Inddata er en FASTA-fil med referencegener og parrede sekventeringslæsninger. ARIBA rapporterer hvilke af referencegenerne der blev fundet samt detaljerede oplysninger om kvaliteten af forsamlingerne og eventuelle varianter mellem sekventeringslæsningerne og referencegenerne.

Other Packages Related to ariba

• dep: bowtie2 (>= 2.1.0)

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: cd-hit

  Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser

• dep: fastaq (>= 3.12.0)

  Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1-4~)

  Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)

  GCC støttebibliotek

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: mash

  Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (<< 3.11)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-bs4

  Fejltolerant HTML-fortolker for Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)

  Python 3-grænseflade til MUMmer

• dep: python3-pysam (>= 0.9.1)

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-tk

  Tkinter - skrivning af Tk-programmer med Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: spades

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

Download ariba

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
m68k (unofficial port)	2.14.6+ds-2+b1	1,910.0 kB	20,567.0 kB	[list of files]