Package: chromhmm-example (1.25+dfsg-1)

[ Source: chromhmm  ]

Kromatintilstandsregistrering og karakterisering - eksempel

ChromHMM er et program til at lære og karakterisere kromatintilstande. ChromHMM kan integrere flere kromatindatasæt såsom ChIP-seq-data af diverse histone ændringer for at registrere de novo the major gentagende kombinatoriske og delvise mærkemønstre. ChromHMM er baseret på en multivariat Hidden Markov-model, som eksplicit modelopbygger tilstedeværelsen eller fraværet af hvert kromatinmærke. Resultatmodellen kan så bruges til systematisk at annotere et genom i en eller flere celletyper. Ved automatisk at beregne tilstandsforbedringer for funktionelle og annoterede datasæt i stor skala letter ChromHMM den biologiske karakterisering af hver tilstand. ChromHMM fremstiller også filer med genomomfattede kort af kromatintilstandsannotationer, som direkte kan visualiseres i en genombrowser.

Denne pakke tilbyder et eksempel til arbejdet med ChromHMM.

Other Packages Related to chromhmm-example

• enh: chromhmm

  Kromatintilstandsregistrering og karakterisering

Download chromhmm-example

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	43,967.1 kB	44,191.0 kB	[list of files]