Package: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 and others)

[ Source: ea-utils  ]

Værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata

Ea-utils tilbyder et sæt af værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata, stregkodedemultiplexing, adaptertrimming etc.

Primært skrevet for at understøtte en Ilumina-baseret datakanal - men bør fungere med enhver FASTQ.

De vigtigste værktøjer er:

 * fastq-mcf

Skanner en sekvensfil for adaptere og baseret på en logskaleret tærskel bestemmes et sæt af klippende parametre og klipningen udføres. Udfører også detektering af skævvridning og kvalitetfiltrering.

 * fast-multx

Demultiplexer en fastq. Kan automatisk bestemme stregjkode-id'er baseret på et mastersætfelt. Bevarer flere læsninger i synkronisering under demultiplexing. Kan også verificere at læsninger er synkrone og fejler hvis ikke.

 * fast-join

Svarer til audy' stitch-program, men i C, mere effektivt og understøtter nogle automatiske sammenligninger og indstillingsforbedringer. Den bruger den samme »kvadreret afstand til forankrede tilpasning« som andre værktøjer.

 * varcall

Tager en samling og beregner varianter på en mere parameteropbygget måde end andre værktøjer.

Other Packages Related to ea-utils

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.39) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) - blas-bibliotekspakke

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-formula

  GNU R-pakke for udvidede modelformler

• dep: r-cran-getopt

  GNU R-pakke der tilbyder funktionalitet på kommandolinjen til fortolkning

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-hmisc

  GNU R - diverse funktioner af Frank Harrell

• dep: r-cran-lattice

  GNU R-pakke for »Trellis«-grafik

• dep: r-cran-survival

  GNU R-pakke for overlevelsesanalyse

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

Download ea-utils

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	239.0 kB	1,069.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.2+dfsg-9+b3	239.9 kB	762.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.2+dfsg-9+b3	215.3 kB	1,002.0 kB	[list of files]
armel	1.1.2+dfsg-9+b3	213.0 kB	699.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.2+dfsg-9+b3	210.8 kB	547.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	236.4 kB	747.0 kB	[list of files]
i386	1.1.2+dfsg-9+b3	250.4 kB	779.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b1	300.4 kB	1,332.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b1	215.7 kB	762.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	218.7 kB	731.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b3	232.0 kB	1,093.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	242.5 kB	1,066.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.2+dfsg-9+b3	243.5 kB	1,066.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.2+dfsg-9+b2	234.3 kB	638.0 kB	[list of files]
s390x	1.1.2+dfsg-9+b3	234.9 kB	786.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	262.5 kB	998.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	214.9 kB	7,288.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.2+dfsg-9+b2	237.3 kB	735.0 kB	[list of files]