Package: iva (1.0.11+ds-5)

[ Source: iva  ]

Iterativ virussekvensassembler

IVA er en de novo-assembler designet til at samle virusgenomer, som ikke har gentagelsessekvenser, via Illuminalæste par sekventeret fra blandede populationer ved ekstrem høj dybde.

IVA's hovedalgoritme fungerer ved iterativt at udvide config'er via justerede læste par. Dets inddata kan bare være læste par, eller du kan derudover tilbyde et eksisterende sæt af contig'er til udvidelse. Alternativt kan programmet anvende læsninger sammen med en referencesekvens.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence, Works with: Files

Other Packages Related to iva

• dep: default-jre-headless

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid - uden skærm

• dep: fastaq

  Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer

• dep: kmc

  Tæl kmers i arvemassesekvenser

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-networkx

  Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-packaging

  Grundlæggende redskaber for Python 3-pakker

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: smalt

  Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning

• rec: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• rec: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• rec: trimmomatic

  Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

Download iva

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]