Package: smalt (0.7.6-13)

[ Source: smalt  ]

Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning

SMALT sammenligner effektivt DNA-sekvenslæsninger med et referencegenom. Læsninger fra en bred vifte af sekvensplatforme, for eksempel Illunina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio eller ABI-Sanger, kan behandles inklusive parrede læsninger.

Programmet anvender et perfekt hashindeks med korte ord (<20 nukleotider lang), samplet ved ækvivalente trin langs genomreferencesekvenser.

For hver læsning bliver potentielt matchende segmenter i referencen identificeret fra seed-matchninger i indekset og efterfølgende sammenlignet med læsningen via en forbundet Smith-Waterman-algoritme.

Den bedste sammenligning af hver læsning rapporteres inklusive en bedømmelse af troværdighed for bedste oversættelse. Brugeren kan justere balancen mellem sensitivitet og hastighed ved at finjustere længden og mellemrum for hashede ord.

En tilstand for registrering af split-læsninger (chimeric) tilbydes. Programkørsel med flere tråde er også understøttet.

Other Packages Related to smalt

• dep: libbambamc0 (>= 0.0.50)

  Kørselstidsbibliotek for læsning og skrivning af BAM-filer (arvemasseopstilling)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download smalt

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	97.2 kB	272.0 kB	[list of files]